# Install O TB-Profiler pode ser instalado usando uma variedade de métodos diferentes. O mais fácil é por meio de conda, mas você também pode instalar manualmente. ### Conda Conda pode funcionar como um gerenciador de pacotes e está disponível [aqui](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html). Se você tiver conda, certifique-se de que os canais bioconda e conda-forge foram adicionados: ``` conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge ``` Então você pode instalar com: ``` conda install -c bioconda tb-profiler ``` ### Manualmente É possível instalar manualmente. Os seguintes pré-requisitos serão necessários em tempo de execução: trimmomatic (> = v0.38), bwa (> = v0.7.17), minimap2 (> = v2.16), bowtie2 (> = v2.3.5), samtools (> = v1.9), bcftools (> = v1.9), GATK (> = v4.1.4.0), tqdm (> = v4.32.2) e parallel (> = v20190522). O pipeline deve funcionar e já foi testado nas versões do programa indicadas entre parênteses. Para instalar a biblioteca, você pode usar: ``` pip3 install git+https://github.com/jodyphelan/TBProfiler.git mkdir `python -c "import sys; print(getattr(sys, 'base_prefix', getattr(sys, 'real_prefix', sys.prefix)));"` tb-profiler update_tbdb ``` --- # Agent Instructions: Querying This Documentation If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question. Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter: ``` GET https://jodyphelan.gitbook.io/tb-profiler-pt/quickstart/install.md?ask= ``` The question should be specific, self-contained, and written in natural language. The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation. Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.