Nederlands

Deze pagina bevat de documentatie voor het progamma TB-Profiler, die hier gepubliceerd is. TB-Profiler kan NGS data analyseren om resistentie tegen drugs en M. tuberculosis stam te voorspellen.

Ik ontwikkel en verbeter het progamma regelmatig. Als je TB-Profiler wil gebruiken, gebruik dan alsjeblieft de meest recent versie.

Installeren

Je kunt conda gebruiken om TB-Profiler te installeren. Zorg er eerst voor, dat je het bioconda-channel geaktiveerd hebt.

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

Installeer vervolgens TB-Profiler.

conda install -c bioconda tb-profiler

Gebruik

Als je twee bestanden hebt (reads_1.fastq.gz en reads_2.fastq.gz) dan kan je de volgende opdracht gebruiken om resistentie tegen drugs en M. tuberculosis stam te voorspellen.

tb-profiler profile -1 reads_1.fastq.gz -2 reads_2.fastq.gz -p prefix

De -p parameter kan woorden gebruikt om de resultaten een unique naam te geven.

Als je een bam bestand hebt dan kan je het -a parameter gebruiken.

tb-profiler profile -a arquivo.bam -p prefix

Om meerdere resultaten (samen) te combineren, kun je decollate functie gebruiken.

tb-profiler collate