# Nederlands

Deze pagina bevat de documentatie voor het progamma TB-Profiler, die [hier](https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-019-0650-x) gepubliceerd is. TB-Profiler kan NGS data analyseren om resistentie tegen drugs en *M. tuberculosis* stam te voorspellen.

Ik ontwikkel en verbeter het progamma regelmatig. Als je TB-Profiler wil gebruiken, gebruik dan alsjeblieft de meest recent versie.

## Installeren <a href="#m_-1243092346228431578gmail-m_3933492894986901707gmail-installatie" id="m_-1243092346228431578gmail-m_3933492894986901707gmail-installatie"></a>

Je kunt conda gebruiken om TB-Profiler te installeren. Zorg er eerst voor, dat je het bioconda-channel geaktiveerd hebt.

```
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
```

Installeer vervolgens TB-Profiler.

```
conda install -c bioconda tb-profiler
```

## Gebruik

Als je twee bestanden hebt (reads\_1.fastq.gz en reads\_2.fastq.gz) dan kan je de volgende opdracht gebruiken om resistentie tegen drugs en *M. tuberculosis* stam te voorspellen.

```
tb-profiler profile -1 reads_1.fastq.gz -2 reads_2.fastq.gz -p prefix
```

De `-p` parameter kan woorden gebruikt om de resultaten een unique naam te geven.

Als je een bam bestand hebt dan kan je het `-a` parameter gebruiken.

```
tb-profiler profile -a arquivo.bam -p prefix
```

Om meerdere resultaten (samen) te combineren, kun je de`collate` functie gebruiken.

```
tb-profiler collate
```


---

# Agent Instructions: Querying This Documentation

If you need additional information that is not directly available in this page, you can query the documentation dynamically by asking a question.

Perform an HTTP GET request on the current page URL with the `ask` query parameter:

```
GET https://jodyphelan.gitbook.io/tb-profiler/translations/nederlands.md?ask=<question>
```

The question should be specific, self-contained, and written in natural language.
The response will contain a direct answer to the question and relevant excerpts and sources from the documentation.

Use this mechanism when the answer is not explicitly present in the current page, you need clarification or additional context, or you want to retrieve related documentation sections.
